Dnem 22. prosince 1573 je datována ve Vídni vyhotovená a na pergamenu latinsky psaná listina, jíž císař Maxmilián II. Habsburský (1527–1576, vládl od roku 1562) udělil jezuitské koleji v Olomouci právo promovat studenty jejich akademie ke všem hodnostem podle řádů západoevropských univerzit.
Poněvadž školy Tovaryšstva Ježíšova byly bezplatné, musela tomuto aktu předcházet řada opatření, jimiž byly jak olomoucké jezuitské gymnázium, vzniklé v roce 1566, tak i druhá jezuitská akademie v českých zemích (po akademii pražské, zřízené roku 1556 v Klementinu) náležitě hmotně zabezpečeny.
Iniciátorem příchodu jezuitů do Olomouce byl biskup Vilém Prusinovský z Víckova (1534–1572), jenž získal pro jejich působení v tehdejším hlavním městě markrabství moravského pouze 500 zlatých ročně (pro srovnání: průměrná cena domu v Olomouci činila tehdy 928 zlatých), takže musel rezignovat ze svého záměru zřídit jezuitské vysoké učení se dvěma fakultami – filozofickou a teologickou (práva a medicínu jezuité nepěstovali).
Papež Pius V. (1504–1572) schválil vznik jezuitské koleje, biskupského semináře pro přípravu nových kněží a konviktu (ubytovacího zařízení pro císařské, papežské a biskupské alumny, tj. stipendisty) v Olomouci svým breve datovaným 9. srpna 1566.
Dne 22. dubna 1567 přenechal papež Pius V. na žádost biskupa Prusinovského jezuitské koleji v Olomouci tamní klášter sv. Františka (nacházel se v místě nynějšího Správního archivu Armády ČR na náměstí Republiky) do té doby, než o něj minorité znovu požádají, a 30. října 1567 potvrdil císař Maxmilián II. smlouvu mezi biskupem Vilémem Prusinovským z Víckova a minoritským provinciálem Valentinem Choanem de Cingulo z 5. září 1567, podle níž se měli minorité přestěhovat do zpustlého kláštera sv. Jakuba na olomouckém Předhradí (nyní prostor zadního a části levého bočního traktu Filozofické fakulty UP, Křížkovského 10).
Do upraveného minoritského kláštera se jezuité i se svými žáky nastěhovali 4. října 1569. Dne 27. září 1570 udělil biskup Prusinovský olomoucké koleji Tovaryšstva Ježíšova fundaci 2 000 zlatých z důchodů vyškovských statků a tuto fundaci potvrdil 22. ledna 1573 papež Řehoř XIII. (1502–1585). To již ale nebyl biskup Vilém Prusinovský z Víckova mezi živými – zemřel za krutých bolestí 16. června 1572 (údajně jako první oběť traviče – olomouckého kapitulního děkana Jana Philopona Dambrowského, nar. 1540, sťat 1586 nebo 1587, jenž vraždami i následujících tří olomouckých biskupů hodlal dosáhnout biskupské hodnosti).
Papež Řehoř XIII. proto 3. července 1573 doporučil biskupovi Janu Grodeckému (1525–1575) a olomoucké kapitule kolej Tovaryšstva Ježíšova do jejich ochrany a nařídil jim, aby Prusinovského fundaci respektovali. A tak již nic nebránilo tomu, aby bylo olomoucké vysoké učení panovníkem zřízeno a obdařeno promočními právy, což se stalo, jak již bylo výše uvedeno 22. prosince 1573.
Dotyčná listina císaře Maxmiliána II., svou účinností zakládací listina olomoucké univerzity, je nyní součástí fondu E 28 Moravského zemského archivu v Brně Jezuité v Olomouci 1567–1773. Majestátní pečeť, jež k listině byla přivěšena, se bohužel nedochovala. Listina vznikla ve vídeňské dvorské kanceláři, v jejímž čele stál v letech 1572–1586 říšský dvorní rada a posléze vicekancléř Siegmund Vieheuser (kolem 1545–1587). Protireformační poslání olomoucké akademie je vymezeno následovně:
„Protože však rektor a bratří téže koleje blahodárného Tovaryšstva Ježíšova nás poníženě prosili, abychom shorařečené nové založení, zřízení, fundaci, obdarování a dotaci často jmenované koleje, z níž vyjdou mnozí učení mužové, budoucí a prospěšní dělníci na vinici Páně, z naší moci císařské i jako král český a markrabě moravský milostivě a právem uznali za vhodné mít, schválit a potvrdit. My jsme tak zbožné, spravedlivé a ponížené žádosti prosících vyslechli. A vyslechli jsme úmysl podané přímluvy důstojného Jana [Grodeckého], nynějšího biskupa olomouckého, věrného našeho milého, který také svou přízní kolej ozdobil a zvětšil, dané upřímně, pevně a věrně jejímu rektorovi a bratřím, aby velmi nežádoucímu stavu markrabství našeho moravského, jeho diecézi, tak a tolika různými rozdílnými a nesourodými sektami jako v žádné jiné naší zemi den ze dne bujícími a rozrůstajícími se, tímto prostředkem jako spravedlivým opatřením pomohl, ne omylem a nerozumně, ale rozvážnou a zdravou myslí, berouce v úvahu radu vznešených rádců a jiných našich věrných, podle vrozené nám laskavosti a z jisté naší vědomosti z císařské moci a také jako král český a markrabě moravský milostivě schvalujeme, stvrzujeme a potvrzujeme shora uvedené zařízení, založení, fundaci, obdarování a dotaci […]“.
Zbývá dodat, že první depozice (tj. odložení hrubých mravů, jinak beánie) a imatrikulace se v Olomouci uskutečnily ve dnech 15., 16. a 21. října 1576, kdy bylo imatrikulováno celkem 86 studentů jezuitského gymnázia a dvoufakultní akademie.
První pětice pocházela z Moravy – byli to Matthaeus Strikovius z Ostravy, Georgius Mertl z Kroměříže, Thomas Hanell ze Šumperka, Gregorius Castus z Valtic a Martinus Titzius z Olomouce. Mezi studenty se však tehdy objevil i Francouz (Nicolaus Beaudoulx a Labbe), Ital (Petrus Magnus, Novocomensis), Slovák (Michael Novack, Trinaviensis, tj. z Trnavy) či Bavor (Joannes Knaur); z příslušníků slezské šlechty to byli mj. Jan a Jiří Bruntálští z Vrbna, patrně synové Hynka staršího Bruntálského z Vrbna (1534–1596), jenž v letech 1590–1594 zastával úřad moravského zemského hejtmana.